閾值，我們在操作軟件時上下拉動的橫線，是決定Ct值的因素之一。

閾值是熒光信號相對于基線有顯著增強(qiáng)的點，大多數(shù)儀器會根據(jù)基線平均信號，自動計算熒光信號的閾值水平，并設(shè)置一個比平均值高10倍的閾值。

也就是說，當(dāng)基線被正確的設(shè)置了，閾值也能手動調(diào)整成正確值。

需要注意的是：

1、讀取閾值相關(guān)的分析數(shù)據(jù)時，不能隨意改變閾值的設(shè)置。只有分析不同樣本，或相同樣本不同靶基因時，才能調(diào)整閾值。

2、設(shè)置閾值線時，要在擴(kuò)增曲線的指數(shù)擴(kuò)增區(qū)域內(nèi)設(shè)置，不能在起始階段，也不能在熒光背景（基線）區(qū)域。

3、每次改變閾值時，要查看標(biāo)準(zhǔn)曲線的斜率和R的平方有沒有改善。沒有使用標(biāo)準(zhǔn)曲線時，也可以計算3個復(fù)孔（相同條件擴(kuò)增的樣本）的標(biāo)準(zhǔn)偏差。好的閾值應(yīng)該要改善Ct值的表現(xiàn)。